อพ.สธ. ดำเนินงานอยู่ในแผนแม่บทระยะ 5 ปีที่หก โดยมีหน่วยงานที่ร่วมสนองพระราชดำริมากกว่า 200 หน่วยงาน และมีสมาชิกงานสวนพฤกษศาตร์โรงเรียนประมาณ 4,000 แห่ง รวมถึงสมาชิกงานฐานทรัพยากรท้องถิ่นที่ทุกองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นเป็นสมาชิกทั้งหมด ประมาณ 7,000 แห่ง ทั่วประเทศ ทำให้การดำเนินงานของ อพ.สธ. นั้น ครอบคลุมทั่วประเทศ การดำเนินงานอพ.สธ. จึงควรมีหน่วยงานเข้ามาช่วยในการประสานงานกับจังหวัดทั้ง 77 จังหวัดที่ร่วมสนองพระราชดำริ อพ.สธ. 

     เพื่อให้การดำเนินงานเป็นไปตามเป้าหมายและวัตถุประสงค์ของ อพ.สธ. ให้ประสบความสำเร็จ จึงมีการประสานงานให้เกิดศูนย์ประสานงาน อพ.สธ. ในมหาวิทยาลัยตามภูมิภาคต่าง ๆ ให้เกิดขึ้นตั้งแต่แผนแม่บทระยะ 5 ปีที่สี่ (1 ตุลาคม 2549-30 กันยายน 2554) และในแผนแม่บทระยะ 5 ปีที่หก (1 ตุลาคม2559-30 กันยายน 2564 ) โดยพระราชานุญาตให้มีศูนย์แม่ข่ายประสานงานอพ.สธ./ศูนย์ประสานงานอพ.สธ.เพิ่มอย่างชัดเจนและเป็นรูปธรรมมากขึ้น  และในปี พ.ศ. 2562 นี้ มีจำนวน 18 แห่ง